中尉里普利和人造人主教、小女孩以及陆战队战士逃出了被异形占领的殖民地，在飞船上他们又设法将异形的女王抛入了太空。众人以为噩梦已经过去了，于是他们开始在休眠中飞回地球。
但在茫茫宇宙之中，里普利的飞船并没有返回地球。中途飞船突然出现意外，低温休眠舱在母船爆炸前脱离，坠落在一个阴冷黑暗的星球上。当里普利醒来时，她发现除了自己以外，其他船员都死了，而残破的主教则被扔进了垃圾场。里普利在医生的救治下恢复了健康，并从他那里知道这里是狂暴101号，是一座远离地球的废弃矿井，已成为一个关押犯人的太空监狱。现在受管制的有25个双染色体的凶犯，他们以霍士为首领，有一个共同信仰的神，这才不会闹事。
然而随着里普利的到来，犯人们似乎产生了骚动。里普利也遭到了袭击，所以当一个犯人被神秘杀害后，管理人员认为是犯人斗殴闹事。但里普利却有不祥的预感。她从飞船上拿回了电脑芯板，并将主教找了回来，通过主教的程序了解了飞行记录。果然是异形的侵入导致了飞船出事，而现在它又跟着低温舱一起来到了狂暴101上。
管理人员并不相信里普利所说的关于异形的一切，但恐惧马上变成了现实，异形已长成，开始到处出没随意杀人。然而在施行精神管制的监狱没有一件武器可以用来对付异形。很快有一半以上的人被杀。里普利想出了一个主意，她提议设法将异形引到矿井的熔铝槽中烧死。在危险面前，从前十分狂躁的犯人们不得不联合起来共渡危机。人们修复了通往熔铝槽的通道，打算用闸门将异形赶到槽中。
就在这时，里普利感到身体不适，经过电脑的生物测试，可怕的事发生了：在她体内还有一只雌性异形正在成长。她痛苦不堪，但同时她发现由于自己体内异形的存在，使其他异形不会袭击她。于是她决定把自己做诱饵，引诱异形进入圈套。然而这时传来消息，总公司收到了报告，准备派人前来矿井。这让里普利更加紧张。她终于说服了人们不要消极等待公司来人救援，因为公司想要的只是异形，而不会顾及其他人的安全。
异形出现了，众人奋力拼搏，终于将它抛进了充满铝液的熔铝槽中。就在这时，总公司的派遣队来到了矿井，里普利惊异地发现领队竟然是主教。但随即得知，眼前的人是人造人主教的设计者，他是按照自己的形象设计的主教。正在众人交谈时，异形突然从熔铝槽中跳了出来，这个生物顽强的生命力抵抗住了热铝液的伤害。眼看异形就要逃走，里普利急中生智用冷水浇在它身上，结果异形在急速冷却中炸成了碎片。
总公司的领队安慰里普利说公司将设法帮她杀死体内的异形，但里普利明白公司还是想要异形以发展生物武器。就在异形破体而出之时，她毅然抓住异形跳下了熔铝槽与之同归于尽。
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